@wILl 它的内存使用与轨迹大小有关. 你先测试下小轨迹, 保证不是轨迹太大引起的. 如果不是这样, 那可能就是程序自身的原因了.

@wILl 内存不够啊, 说得很清楚. 换机器或增大内存.

@wILl 配体没有设置好. 仔细看看输入文件.

@simulight 你的设想不可行. 气体没法使用NPT进行模拟, 因为一加压就变成液体了. 至于水分子是不是刚性无所谓.
virial系数不能通过你说的那个公式来算, 要用其他的方法, 你查下文献吧.

@JIE 没什么不对, 你自己的公式写错了. matlab中矩阵元素相乘要用点乘.
我更新了代码, 你参考一下吧.

@JIE 根本看不懂你在说什么.

@JIE 六方的有人测试过, 没有问题. 你可以把觉得有问题的参数和得到的图形发出来, 我检查下.

@包子 这是Ewald方法里面的说法, 静电作用倒空间部分的贡献, 不能说是长程作用, 因为长程作用在MD中有特殊的定义.

@苏玖染 gmx genconf这个命令用来拼接gro文件更简单, 你可以试试.
最终研究表面吸附的话最好是NVT模拟, 至于水盒子用NVT或NPT的平衡构型做初始构型都可以.

@苏玖染 trjconv将溶液恢复完整, 体系居中, editconf将盒子向上平移一定距离, 再将gro与纤维素的gro手动合并.
wall是做其他用途的, 和你的问题无关, 不要瞎想.