@无敌帅超 从头构建很复杂, 一般只是在已有力场的基础之上对参数稍加修改, 相关的文献很多, 找一篇和自己体系类似的, 先照着做试试. 遇到具体问题再说.

@Pimo 你的文件国内没法下载, 你可以发到我的邮箱Jerkwin@qq.com, 或者加入QQ群132266540直接发给我.

@苏玖染 先生成正常的拓扑, 然后删除要删除的原子, 以及与其有关的成键作用项即可

@yaochuang 简单但麻烦的方法是, 把每个分子的A部分单独放到一个组, 算所有这些组之间的rdf, 然后平均, 借助简单的脚本很容易实现, 可参考 使用GROMACS计算径向分布函数.
高级点的方法是, 修改体系的拓扑文件, 将A和B分为两个分子类型, 然后grompp生成新的tpr, 使用这个tpr和你的方法生成的索引组计算.

@苏玖染 少了原子的纤维素, 其拓扑很好做, 但有其他基团修饰的纤维素, 拓扑文件不好做, 要走amber的非标准残基流程, 你要参考amber的相应教程.
只要主体分子是纤维素, 最好还是使用glycam力场, 但修饰的基团, 可以采用gaff这样的力场.

@苏玖染 不要自找麻烦使用pbc=xy, 使用三维的pbc就好, 然后z方向扩大到xy方向的三倍多就好了

@wILl 它的内存使用与轨迹大小有关. 你先测试下小轨迹, 保证不是轨迹太大引起的. 如果不是这样, 那可能就是程序自身的原因了.

@wILl 内存不够啊, 说得很清楚. 换机器或增大内存.

@wILl 配体没有设置好. 仔细看看输入文件.

@simulight 你的设想不可行. 气体没法使用NPT进行模拟, 因为一加压就变成液体了. 至于水分子是不是刚性无所谓.
virial系数不能通过你说的那个公式来算, 要用其他的方法, 你查下文献吧.