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Jerkwin
@Jerkwin
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RE: 关于Gromacs对于超临界状态的模拟问题
@recycled 据我所知, 超临界的模拟比较困难, 主要原因在于常见的力场参数在优化时所做的模拟都是常态下的, 这样得到的参数理论上是不能用于超临界态的. 你需要的参数只能到文献上去找, 看有没有人拟合过超临界态下的参数. 如果没有的话, 或者采用已有的参数(大概率得不到想要的结果), 或者自己对参数进行拟合或小的调整(有困难). 至于如何拟合或调整, 就不是一句两句可以说明白的了.
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RE: Gromacs和orca交互 计算QM/MM ,生成tpr文件时出现问题
@shanguren 这些选项在gmx2016源码中的说明
/* Surface hopping stuff */ gmx_bool bSH; /* surface hopping (diabatic only) */ real SAon; /* at which energy gap the SA starts */ real SAoff; /* at which energy gap the SA stops */ int SAsteps; /* stepwise switchinng on the SA */ int SAstep; /* current state of SA */
如果你不需要的话, 就将它们删掉. 我不知道ORCA是如何处理的.
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RE: 使用AmberTools+Gaussian计算resp电荷的问题
@cokoy 去看看resp程序是不是有限制吧, 我记得好像最大原子数限制要高于500的, 但具体多少, 不清楚.
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RE: QM/MM 中环境变量设置问题
@shanguren 我没用过orca, 不清楚它的计算流程, 但觉得你的猜测是正确的, 如果有疑问的话, 去看下gmx的相应源码就明白了.