@land19919 网址变了, https://Jerkwin.github.io/prog/gmxtop.html

@cdy12345 GLYCAM可能不能用于糖醇, 你试试GAFF吧

@recycled 据我所知, 超临界的模拟比较困难, 主要原因在于常见的力场参数在优化时所做的模拟都是常态下的, 这样得到的参数理论上是不能用于超临界态的. 你需要的参数只能到文献上去找, 看有没有人拟合过超临界态下的参数. 如果没有的话, 或者采用已有的参数(大概率得不到想要的结果), 或者自己对参数进行拟合或小的调整(有困难). 至于如何拟合或调整, 就不是一句两句可以说明白的了.

@trianer 这个脚本原作者没有提供, 我也没有办法知道是不是下面的脚本:

• http://pldserver1.biochem.queensu.ca/~rlc/work/pymol/build_seq.py
• https://github.com/haddocking/protein-peptide-docking_1CZY/blob/master/scripts-PyMOL/build_seq.py

@Ryan 这是警告, 没关系的, -maxwarn 1忽略即可

@shanguren 这些选项在gmx2016源码中的说明

/* Surface hopping stuff */
    gmx_bool           bSH;     /* surface hopping (diabatic only)   */
    real               SAon;    /* at which energy gap the SA starts */
    real               SAoff;   /* at which energy gap the SA stops  */
    int                SAsteps; /* stepwise switchinng on the SA     */
    int                SAstep;  /* current state of SA               */

如果你不需要的话, 就将它们删掉. 我不知道ORCA是如何处理的.

@cokoy 去看看resp程序是不是有限制吧, 我记得好像最大原子数限制要高于500的, 但具体多少, 不清楚.

@shanguren 我没用过orca, 不清楚它的计算流程, 但觉得你的猜测是正确的, 如果有疑问的话, 去看下gmx的相应源码就明白了.

@shanguren 弄错了, 是用cmake编译的, 不是用configure, 参考我的编译教程

@shanguren 要到gmx的安装路径下面去configure, 不是在任意地方