l 是晶面的法向量, m是晶向对应的矢量方向. 前提是这两个矢量是垂直的, 否则晶向不处于晶面内, 没有意义.

@ptlddn 这个版本是有点老了, 不过现在已经有几个notepad2的扩展版本, 你可以试试: notepad3, notepad2e, notepad2-zu. 我编译的那个版本也更新过, 但添加的功能可能不是你需要的, 所以不建议你再使用. 如果你确实需要源码, 请邮件联系我.

@drama 用最新版本, 或者在线版本.

@若失 我猜测这是因为gmx在算acf的时候为了保证精度相同, 使用的点有限制, 手册上对此有说明. 建议你自己用其他程序算acf.

@ljhwindddd 没有办法, 除非修改源代码. 或者输出xyz分量, 自己算距离, 精度高点.

@land19919 网址变了, https://Jerkwin.github.io/prog/gmxtop.html

@cdy12345 GLYCAM可能不能用于糖醇, 你试试GAFF吧

@recycled 据我所知, 超临界的模拟比较困难, 主要原因在于常见的力场参数在优化时所做的模拟都是常态下的, 这样得到的参数理论上是不能用于超临界态的. 你需要的参数只能到文献上去找, 看有没有人拟合过超临界态下的参数. 如果没有的话, 或者采用已有的参数(大概率得不到想要的结果), 或者自己对参数进行拟合或小的调整(有困难). 至于如何拟合或调整, 就不是一句两句可以说明白的了.

@trianer 这个脚本原作者没有提供, 我也没有办法知道是不是下面的脚本:

• http://pldserver1.biochem.queensu.ca/~rlc/work/pymol/build_seq.py
• https://github.com/haddocking/protein-peptide-docking_1CZY/blob/master/scripts-PyMOL/build_seq.py

@Ryan 这是警告, 没关系的, -maxwarn 1忽略即可