关于周期性纤维素拓扑文件构建的问题



  • 通过学习了李老师多糖构建的方法,我可以获得纤维二糖和纤维素单根长链的结构和拓扑文件,但是如果对于周期性纤维素的晶体,比如,1β型纤维素,怎样修改李老师的流程来获得,我一直没有搞好,是不是需要像李老师另一篇博文--构建石墨烯结构和拓扑一样做呢?不过感觉有点不一样。我自己通过在剑桥晶体数据库里导出的纤维素1-β单晶的结构,它是P21晶型,一条中心链,四条1/4脚链,我怎么弄都没有弄好,希望有经验的老师能够指导指导,在这里多谢了~



  • 你先试试Ia吧, 简单些, 但仍然是周期性的.
    首先用amber构造二聚体得结构A, 然后将cif导出为pdb或mol2(结构B).
    问题在于, A和B的原子编号顺序不一致. 所以你要将B的原子顺序调整为A的顺序, 然后用B的坐标替换A的坐标, 再在leap控制文件中使用bond命令设置周期性的键, 然后按amber的通常流程就可以了.
    更麻烦的方法是参照A, 你自己手动指定B中每个原子的原子类型, 然后bond.



  • 好的,多谢李老师,我试试!



  • 老师您好,我没有做Ⅰα,我的做法是用Cellulose-Build来构造纤维素晶体( http://cces-sw.iqm.unicamp.br/cces/admin/cellulose/view;jsessionid=95E8B80BB1FEFECA3B514533E20D493D)
    因为这个网站构造完导出的pdb文件已经定义了原子的类型,即属于哪一号的碳氢氧,缺点是pbc数值设定必须大于等于2,我导出2×2×2的纤维素Ⅰβ晶体后,将所有元素都命名为4GB,并且使用bond命令设置了周期性的键,提示:
    bond 352 400
    assertion "px ! =0" failed: file "../freelib/boost/shared_ptr.hpp", line 247, function: boost ...........
    0 [main] sleap 13492 cygwin_exception::open_stackdumpfile: Dumping stack trace to sleap.exe.stackdump
    请问老师这是什么问题?



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  • @苏玖染 我看了一下Cellulose-Build给出的pdb文件, 里面没有给出每个原子的电荷, 而且我也不确定它给出的原子类型是不是和amber的一致, 所以, 如果你要使用它给出的文件的话, 要先确认这些问题. 另外, 最后将构型存为mol2格式, 原因我说过了.



  • 谢谢李老师,原子类型我一个个都比对了,把不一样的都改得和amber构造的二聚体的原子类型一样了,而且如果不设置bond命令的话,是可以生成结构和拓扑文件的,不过出现了一些错误的键的连接



  • @Jerkwin 李老师,我知道怎么做了,虽然周期性的还没有试,但是两条四糖链我已经试出来了,发现载入的pdb文件必须要跟用sequence做出来的pdb文件一模一样,也就是说原子类型、原子序号必须一模一样,也必须排列成ROH 4GB ... 0GB的序列,且每个号位的碳氢氧序列也要跟sequence生成的一样,所以原子数很多的话,改的很麻烦
    多谢李老师的指导!非常感谢!



  • @苏玖染 如果这样的话, 用Cellulose-Build就没有太大意义, 因为直接从cif就可以得到pdb或mol2. 关键还是在于保证编号和类型一致. 你可以试试gaussview, 一定程度上可以自动调整编号一致. 手动改的话, 很麻烦.



  • @Jerkwin 李老师,bond命令设置周期性的键有什么注意的么?
    我设置成bond 4GB1:C1 4GB4:O4会报错



  • @苏玖染 语法不对, 应该类似这种: bond Ia.1.C1 Ia.2.O4



  • @Jerkwin 请教一下老师周期性多糖的水盒子是设置得跟一般分子的一样,设置一个distance就好了嘛?


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