关于Gromacs对于超临界状态的模拟问题



  • 老师您好,您的教程和中文手册让我受益匪浅。
    目前对于超临界状态的流体的模拟主要采用的是Gromacs,模拟的对象主要是水和CO2,CH4等简单分子。在这里想冒昧的问一下,采用现有的力场,能否实现对于超临界态下长链烷烃(C8-C14)的分子动力学模拟呢?如果可以的话希望您能够在力场或参数的选择上稍微指点一二(目前为止我的模拟都是比较失败的),如果不太可行的话,那么原因主要是哪些呢?
    深表谢意!!



  • @recycled 据我所知, 超临界的模拟比较困难, 主要原因在于常见的力场参数在优化时所做的模拟都是常态下的, 这样得到的参数理论上是不能用于超临界态的. 你需要的参数只能到文献上去找, 看有没有人拟合过超临界态下的参数. 如果没有的话, 或者采用已有的参数(大概率得不到想要的结果), 或者自己对参数进行拟合或小的调整(有困难). 至于如何拟合或调整, 就不是一句两句可以说明白的了.



  • 十分感谢老师的指导!在超临界条件下的相关模拟的文献的确较少,而且基本也是使用OPLS-AA/UA力场。目前我有限的,不经调参使用该力场的模拟的确得到的结果与预期并不一致。我想拟合和调参是不是需要一些相关的数理知识?我会尝试了解一些。祝老师工作顺利!


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